Místo odborného pracovníka – botanika - bylo obsazeno v Muzeu Prostějovska v roce 1980. Do této doby s muzeem spolupracovali jen externí pracovníci, kteří zde zanechali své poznatky z oboru botaniky v podobě herbářů a fotodokumentace.
     Vznik muzejní botanické sbírky je datován rokem 1946. Jejími zakladateli se stali Josef Starý a Vladislav Kavka Sběry Vladislava Kavky (vyšší rostliny a mechy z Prostějovska) pocházejí z  50. a 60. let minulého stoetí. Dalším významným sběratelem bylJosef Starý, který sestavil herbář převážně z Prostějova a nejbližšího okolí v letech čtyřicátých. Přírodovědec Václav Spitzner zanechal v muzejní sbírce několik herbářových položek mechů, které jsou datovány 1888 a 1889. František Nováček pro muzeum v 70. letech 20. století zpracoval plody parkových rostlin, Josef Ovčáčík daroval muzeu herbářové položky vyšších rostlin z různých koutů okresu z let padesátých. Poměrně rozsáhlou sbírku mechů muzeu daroval František Smékal. Sběry nejsou jen z Prostějovska, ale i z různých koutů republiky a ze zahraničí (Francie, Německo, Slovensko).
     Botanická sbírka dále obsahuje vzorky dřev, semen a plodů parkových rostlin, převážně jehličnanů. Kolekci měkkýšů shromáždil z Prostějovska V. Kavka. Součástí sbírky jsou i fotografie přírodních zajímavostí okresu, chráněných území, parků a chráněných stromů.
     Botanické sbírky rozšiřuje muzeum od osmdesátých let minulého století až do současnosti. Kromě herbářových položek je prováděna fotodokumentace přírody a pro vyhlašování chráněných území byly zpracovány inven- tarizační průzkumy některých navrhovaných chráněných lokalit. Nově vzniklé herbáře obsahují položky ze zajímavých lokalit, převážně chráněných území, které byly vyhlášené nebo se postupně vyhlašovaly (jsou v nich uloženy běžné rostliny vyskytující se v těchto biotopech). Kromě herbářových položek z daných území je pořizována fotodokumentace.